1、理论物理(博士、硕士)

    主要研究方向：粒子物理理论、原子核物理理论、数学物理、粒子宇宙学等。

    该专业点有博士生导师12名，其中院士1名，硕士生导师多名。

2、粒子物理与原子核物理(博士、硕士)

    主要研究方向：粒子物理实验、宇宙线与2006年高能天体物理、同步辐射技术及应用、同步光与物质的相互结构、核方法及其应用等。粒子物理承担了多项国家自然科学基金项目和中国科学院重大项目，与美国、西欧、日本等各2006年高能物理实验室有密切的合作。2006年高能物理所是国内最先开展核技术应用的单位之一，研究面广，具有多种核分析方法互相配合的有利条件。

    该专业点有博士生导师32名，其中院士5名，硕士生导师多名。

3、凝聚态物理(博士、硕士)

    主要研究方向：应用同步光研究新型材料和大分子结构、核方法在物质结构研究中的应用、同步辐射技术及应用等。

    该专业点有博士生导师9名，硕士生导师多名。

4、光学（博士、硕士）

    主要研究方向：X光的探测技术及传输、同步辐射技术及应用等。

    该专业点有博士生导师2名，硕士生导师多名。

5、核技术及应用(博士、硕士)

    主要研究方向：加速器物理、加速器技术及其应用（包括自动控制、磁铁电源、微波技术等）、核电子学与探测技术、计算机与网络技术、自由电子激光及应用、超导技术等。

    该专业点有博士生导师21名，其中院士3名，硕士生导师多名。

6、无机化学(硕士)

    主要研究方向：放射分析化学及其应用、核分析技术及应用等。

    该专业点有硕士生导师多名。

    注：本所培养硕博连读研究生，优秀硕士生可申请硕博连读。